Constitution de la plus grande collection de génomes de chauves-souris de haute qualité Brillante Bat : les chauves-souris sont sans doute européennes

La plus grande étude combinée jamais réalisée sur les génomes et les fossiles de chauves-souris conclut que celles-ci sont très probablement apparues en Europe il y a environ 65 millions d'années et que l'écholocation et le vol se sont développés dès le début de leur évolution. Ces résultats jettent les bases de la recherche sur la longévité et la résistance aux maladies exceptionnelles des chauves-souris.

Les chauves-souris comptent parmi les mammifères les plus extraordinaires de la planète : ce sont les seuls mammifères capables d'un véritable vol actif, et elles s'orientent et chassent dans l'obscurité totale en s'aidant uniquement de l'écholocation. De plus, de nombreuses espèces de chauves-souris font preuve d’une résistance remarquable aux maladies et atteignent un âge exceptionnellement avancé compte tenu de leur taille. Avec plus de 1 500 espèces réparties dans le monde entier, les chauves-souris représentent un cinquième de tous les mammifères vivants et jouent un rôle crucial dans la préservation d’écosystèmes sains, en pollinisant les plantes, en disséminant les graines et en consommant de grandes quantités de ravageurs.

Mais malgré leur biologie exceptionnelle et leur importance écologique, les chercheurs se sont interrogés pendant des décennies sur diverses questions relatives à leur évolution : d’où viennent les chauves-souris ? Quels sont les liens de parenté entre les différentes familles de chauves-souris ? Quand sont apparues la capacité de vol et l'écholocation ? Et comment les chauves-souris ont-elles développé ces caractéristiques inhabituelles qui les distinguent des autres mammifères ?

Les chauves-souris seraient originaires d'Europe

Une étude apporte désormais des réponses à certaines de ces questions restées longtemps en suspens et ouvre la voie à l'étude des points encore inexpliqués. Une équipe internationale composée de 137 scientifiques issus de 64 pays, avec la participation de l’université d’Ulm, a analysé des échantillons génomiques et fossiles à l’aide de méthodes innovantes et a révisé l’arbre phylogénétique des chauves-souris. Les chercheurs ont pu démontrer que les chauves-souris – et donc le vol chez les mammifères – se sont très probablement développées en Europe il y a environ 65 millions d’années. Ces résultats réfutent les hypothèses antérieures qui supposaient une origine asiatique, africaine ou nord-américaine.

« L'approche que nous avons utilisée pour modéliser conjointement l'évolution des espèces fossiles et vivantes permet de réaliser ce que d'autres méthodes ne peuvent pas faire : identifier le plus ancien groupe de chauves-souris fossiles en tenant compte des données génomiques, et déterminer quand et où les chauves-souris sont apparues », explique la professeure Liliana M. Dávalos de l’université de Stony Brook (New York, États-Unis), auteure principale de l’étude.

La plus grande collection à ce jour de génomes de chauves-souris de haute qualité

L'équipe, qui a travaillé conjointement au sein du consortium Bat1K, a constitué la plus grande collection à ce jour de génomes de chauves-souris de haute qualité, comprenant 103 espèces et représentant chacune des 21 familles de chauves-souris actuellement reconnues : des minuscules chauves-souris-bourdons de Thaïlande et du Myanmar, considérées comme les plus petits mammifères du monde, aux chauves-souris à ventouses de Madagascar, qui s’accrochent aux feuilles lisses à l’aide de leurs ventouses. La constitution de cet ensemble de données a nécessité des échantillons collectés pendant des décennies aux quatre coins du monde. « Nous avons combiné des techniques de séquençage de l’ADN de pointe et des méthodes informatiques pour générer ces génomes, les comparer et identifier les gènes qu’ils contiennent », explique le professeur Michael Hiller de l’Institut de recherche Senckenberg à Francfort, auteur principal. Ces données ont été combinées à celles de 44 chauves-souris fossiles provenant du monde entier afin de reconstituer leur histoire évolutive.

Réorganisation de l'arbre phylogénétique des chauves-souris

Sous la direction de la professeure Simone Sommer de l'Institut d’écologie évolutive et de génomique de la conservation de l’université d’Ulm, le Dr Magdalena Meyer et le Dr Dominik Melville ont séquencé les génomes de quatre espèces de chauves-souris à nez rond. Bismark Opoku, doctorant, a prélevé les échantillons correspondants dans des grottes abritant une grande diversité d’espèces de chauves-souris au Ghana. Trois de ces espèces sont connues pour être des hôtes de coronavirus ; l’écologie de la quatrième espèce (Hipposideros jonesi) fait actuellement l’objet d’études menées par Bismark Opoku. Les chercheurs principaux du consortium Bat1K ont ensuite assemblé les données de séquençage afin de cartographier à nouveau la phylogénie de ces chauves-souris. « Ces nouveaux génomes de chauves-souris constituent une étape majeure pour des travaux de recherche passionnants qui vont révolutionner notre compréhension de l’immunologie, de l’adaptation et de l’évolution », a déclaré le Dr Magdalena Meyer.

La ressource génomique créée pour cette étude offre pour la première fois aux scientifiques un cadre évolutif solide pour l'analyse génétique. Ces travaux pourraient à terme enrichir la recherche sur l'être humain dans les domaines du vieillissement, de l'immunité et de la résistance aux maladies.

Publikationshinweis: Morales, A.E., Liang, Y., Thomas, W.R. et al. Reference genomes and fossils revise bat family phylogeny and biogeography. Nature 658, 141–152 (2026). https://doi.org/10.1038/s41586-026-11007-3